唐朝末年，经过会昌法难及五代的战乱后，南山律宗与其它各宗相同，衰颓不振。到了宋代，台州允堪律师（公元？---一○六一年）广开戒坛，年年度僧，并以道宣的十部著作为本，撰成《行事钞会正记》、《戒本疏发挥记》、《羯磨疏正源记》、《拾毘尼义钞辅要记》等十部注释书，以阐扬本宗精神，世称“十部记主”。 杭州钱塘灵芝寺的元照律师（公元一○四八---一一一六年）参究天台、净土之学，以天台教义释律，为南山三大部作记解，即《行事钞资持记》、《戒本疏行宗记》、《羯磨疏济缘记》等一百余卷。同时倡导教、律、禅一致之论，成为一代律学大家，大弘律教，使衰微的南山宗再度复兴起来。自道宣以下，解南山律者，共有六十余家，撰述达数千卷之多，其中以元照律师及其门下最为兴盛。
然而允堪的《会正记》与元照的《资持记》，虽然均为道宣《四分律行事钞》的记解，但是有关遶佛方向的左右、衣制的长短等见解，两书所作的解释往往各异，遂使南山律宗分裂为“会正”、“资持”二宗，其中以元照的“资持宗”影响较大。 到了元、明两代，律宗传承虽未中断，但是由于典籍散佚的缘故，再度呈现衰颓的景象。明末清初，律宗大德相继出现，如莲池、蕅益、弘赞、元贤等，均有著述传世。此外，南京古心如馨律师（公元一五四一---一六一五年）登五台山，感得文殊菩萨于云端授戒，顿悟心地法门，悠游于大小乘律法之中。返回南京后，历驻灵谷寺、栖霞寺、甘露寺、灵隐寺诸寺，开坛说戒达三十余处，徒众万余人，再兴南山律宗。明神宗为嘉勉其兴教之功，特赐紫衣、钵、杖，并赐号“慧云律师”，世称中兴律祖，法系称古林派。编有《经律戒相布萨轨仪》一卷。
古心门下有性相、寂光、澄芳等。其中三昧寂光律师（公元一五八○---一***五年）初习贤首教观，后受毘尼律法，兼习禅观，创戒坛于南京宝华山，建立南山律宗的道场。此后宝华山成为中国戒学中心，至今南北丛林的传戒，无不依循宝华山的轨范。三昧律师所主持的戒席有百余坛之多，戒子无数，著名***有香雪、见月律师。着有《梵网经直解》四卷、《十六观忏法》等。
见月读体（公元一六○一---一六七九年）继承宝华山法嗣，香雪转至常州天宁寺，均弘传律宗。
见月律师初习华严，不久因景慕三昧寂光律师而投其座下，深研四分广律。见月升座讲《梵网经》，舌灿莲华，析理精要，三昧律师曾赞叹：“老人三十年戒幢，若非见月，几被摧折！”其***六十余人，定庵德基嗣其法，着有《大乘玄义》一卷、《毘尼止持会集》十六卷、《毘尼作持续释》十五卷等数十部律仪轨范。
定庵德基之下有松隐真义、闵缘常松、珍辉实咏、文海福聚等次第相承，弘传宝华山法脉。
清世宗雍正十二年（公元一七三四年），文海奉诏入京，检校《梵网经直解》四卷，住持宝华律宗的分支---法源寺，为法源寺第一代律祖。文海奉敕启建三坛大戒，当时乞受大戒的僧侣达一千八百余人。此后，宝华山法脉亦分支于北方，分灯于全国。文海戒子遍满天下，数逾十万众，其法脉由性言、圆先、明如、定静、慧皓、昌苍、海然、印宗、发圆等代代相承。
